蚊蜀黍

其实两个国家都不错的，但是具体情况得具体分析。
人身安全方面：日本和加拿大的治安都非常好（除非碰到心理变态者就另当别论了），福利待遇方面加拿大更好些，而且不排外，日本就不一样，比较排外。虽然现在中日关系紧张，但是日本的民间不像国人反应这么明显，除非遇到极右翼分子，基本在日本不会碰到麻烦。
国际形势：这个比较复杂和微妙。简单给你说吧，中日两国领导人较量的是心理素质，看谁能耗得过谁，仗基本打不起来，都是相互秀肌肉。即便是出现最坏的情况，日本必须按照《日内瓦公约》保护所有在日中国侨民的安全，中国驻日使馆也会予以保护。相比来说中加关系就好的多了。
自然灾害：明显，日本多于加拿大。

看了一下你去就读的路线：发现你在日本在高三被送到关西语言学校。在日本，“关西腔”比较受歧视，一般标准的“关东话”比较吃香的。所以去日本在这一方面就有些劣势。
考大学方面，在日本考大学的难度和状况丝毫不亚于中国的高考，甚至有过之而无不及，两者的教育体制也很相近。加拿大的教育体系和美国差不多，考大学，特别是好的大学竞争也很激烈。但是他们看重学生的综合素质而非分数，他们录取的是“最适合”的未必是“分数最高”的学生。只要你在高中三年成绩保持上等，平时在实践技能上和课外活动方面有突出表现，基本没什么问题。所以去加拿大还可以体会一下西方的教育制度。在这一点，日本也是劣势。
看了下，你想去欧洲读研究生，这样给你说吧，加拿大的官方语言是英语和法语，而这两种语言是欧洲国家的“通用语”，而且欧洲国家对加拿大的学位是相当认可的。但是在日本，日语在欧洲本来就不流行，况且日本人的英语很烂，你在哪里呆上个三年估计英语说得还不如在国内的水平。